无论从历史还是科学角度来看，标本馆在藏品的地理和系统覆盖范围、现有标本和图书馆方面都是独一无二的。标本馆收藏有至少80万张高等植物标本。其中一部分已装裱并排列成藏品（约300000张），另一部分则以单独藏品的形式以未装裱的状态保存，这部分藏品更为重要。后者的数量约为400个。低等植物标本馆（藻类、地衣和真菌）单独保存。
标本馆的历史可以追溯到1823年，古斯塔夫·彼得洛维奇·邦加尔德应邀到大学工作，学习植物学课程。他为植物学系的建立付出了大量心血，并将自己收藏的1.3万份标本赠送给了大学。在植物学系专家和学生的努力下，标本室后来发展成为一个高等植物和低等植物标本的坚实收藏馆。到1836年，标本馆共收藏了13000张标本纸、7000个物种和4000份从世界各地收集的种子标本。古斯塔夫·彼得洛维奇·邦加尔德无疑是标本馆标本的收集者，其中有两个名字尤为引人注目。
其中第一位是约翰·贝伯（1746-1820）。圣彼得堡大学的植物标本室首先购入的就是他的标本，并补充了邦加尔德自己的标本室。当时的标本有 6783 种。除了这个标本外，邦加尔的收藏中还包括一千多张属于卡尔·维尔德诺夫（1765-1812）。在俄罗斯，只有俄罗斯科学院科马洛夫植物研究所才有此类标本。
19 世纪 40 年代初，植物标本室因植物学系主任伊·奥·希霍夫斯基的个人收藏以及从帝国皇家科学院获得的复制材料而得到极大丰富。1842 年，标本馆已收藏了 15000 份标本。1863 年至 1896 年期间，在植物学系主任阿·安·别克托夫（1825-1902）领导下的标本室数量大幅增加。当时专门为标本室分配了一个房间，标本室就设在那里，直到现在。此后，标本室的面积得以大幅扩大。
随后在俄罗斯西北部和欧洲北部（列宁格勒州、普斯科夫州、诺夫哥罗德州、阿尔汉格尔斯克州、沃洛格达州和科米共和国）进行了研究并收集了标本馆材料，从而收集到了这些地区最重要的藏品。