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2023年6月16日 新闻

圣彼得堡国立大学科学家对贝加尔海豹基因组进行测序

圣彼得堡国立大学的生物学家作为国际团队的成员,首次绘制了贝加尔湖唯一的哺乳动物——贝加尔海豹的基因组。

贝加尔海豹© Sergey Gabdurakhmanov, 图片源自flickr.com
贝加尔海豹© Sergey Gabdurakhmanov, 图片源自flickr.com

贝加尔海豹是生活在淡水中的三种海豹之一,也是地球上最深的湖泊——贝加尔湖唯一的哺乳动物。上世纪末,由于食肉动物瘟疫的传播,海豹的数量大幅减少(只有 10 万头),但近年来其数量正逐渐恢复。科学家指出,未来对动物的基因组进行测序将使海豹的数量逐步增长,因为动物的基因中储存着各个物种的所有历史信息。这种方法将有助于我们思考,动物在何种条件下能够更好生存。

研究成果发表在遗传学顶级学术期刊之一《基因》( «Genes»)上。

圣彼得堡国立大学细胞学和组织学系教授兼圣彼得堡国立大学算法生物技术中心主任阿拉 ·拉皮杜斯说:“十多年前,在国际基因组 10K 100K 项目框架下史蒂芬·奥布莱恩提出了这一想法,当时他是圣彼得堡国立大学费·格·多布然斯基基因组生物信息中心的负责人。该项目的核心任务是对包括贝加尔海豹在内的10万种生物的基因组进行测序。”

由于缺乏资源,加之贝加尔海豹DNA的复杂性,该项目被推迟了。科学家们开发的第一个方案只是收集单独的片段,但由于重复位点众多,组织片段非常困难。但圣彼得堡国立大学的科学家们运用新的Hi-C方法成功解决了这一问题,实现了他们的目标,完成了贝加尔海豹基因组的测序工作。

关于贝加尔海豹基因组测序工作的详细信息请阅读最新一期的《圣彼得堡大学》杂志。

圣彼得堡国立大学算法生物技术中心高级研究员米哈伊尔·拉伊科解释说:“Hi-C方法使我们能够确定细胞中相互接近的DNA序列。有了这些信息,我们就能安排好手中的片段,将它们组成完整的染色体。”

通过对贝加尔海豹的基因组进行测序,圣彼得堡国立大学的科学家们得以了解贝加尔海豹的起源和亲缘关系,以及种群的遗传多样性——这是贝加尔海豹所属保护物种的关键特征。因此,缺乏变异性(即缺少遗传多样性),会危及该物种的生存。

此项研究帮助科学家们未来对另一个重要问题——海豹的起源做出回答。目前有一种学说认为,大约 300 万年前,海豹从北冰洋沿岸沿河流向南迁徙,来到贝加尔湖。后来贝加尔湖从咸水湖中分离出来。

此外,该项研究能够让科学家们将贝加尔海豹的基因组与北方动物以及生活在淡水域中的其他海豹物种进行比较,进而确定种群分离的时间。

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