圣彼得堡国立大学生物信息学团队成为首批获得扎克伯格基金会资助的俄罗斯科学家
圣彼得堡国立大学生物技术算法中心生物信息学团队成为首批获得扎克伯格基金会资助的俄罗斯科学家。此项资助将用于开展该团队的SPAdes和QUAST科研项目。该团队开发的开放源代码软件被全球数千名基因组学专家使用。
“陈-扎克伯格行动” (Chan Zuckerberg Initiative) 是由马克·扎克伯格及其妻子普莉希拉·陈于2015年创办的慈善基金。其目标旨在促进解决复杂的社会问题,包括消除疾病和提高教育质量。这笔资助由圣彼得堡国立大学“生物技术算法中心实验室”团队获得,将用于支持生物医学研究领域所不可或缺的开放源代码软件。
圣彼得堡国立大学“生物技术算法中心实验室”创建于2014年底,是我校“巨额资助项目”的一部分,旨在解决当代生物医学中最为重要的计算任务。该实验室的旗舰产品SPAdes(Saint Petersburg Assembler)软件被全球数千名基因组学专家所使用。圣彼得堡大学科研团队开发的程序恢复了基因组DNA的完整初级结构,换言之,在真正意义上解密了遗传密码。
QUAST(Quality Assessment Tool:质量评估工具)软件可用于评估基因组组装质量。 该工具可以一次性接受多个组装,因此也可用于基因组比较。如此一来,两个软件依照基因组项目的逻辑前后相接:数据质量评估—数据组装—组装质量评估—科学分析。
扎克伯格基金的资助是独一无二的。这项资助高度认可了我们实验室开发的软件对于世界科学发展的重要意义。很少有人愿意开发如此高水平、高质量的非营利性软件,而我们在俄罗斯做到了。可以毫不谦虚地说,这两个软件是绝无仅有的招牌产品,它们在全球拥有数万用户,不仅如此,其领先优势得到了最严苛、最挑剔的专家们的一致认可
圣彼得堡国立大学转化生物医学研究院生物技术算法中心副主任阿拉·拉皮杜斯
在阿拉·拉皮杜斯看来,好产品光开发出来是不够的,还需要对其给予相应的技术支撑,这是一项庞大而昂贵的工程,需要最顶级的参与者。她指出:“SPAdes和QUAST都是开放源代码软件,对其给予支持从公司角度来看是无法盈利的。而‘陈-扎克伯格行动’基金会最难能可贵的地方恰恰在于,它在发放资助时并不仅仅考虑到科学成分,而且会考虑到昂贵的“非科学”成分的需求,而如果没有后者,科学也就失去了支撑。”