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图书馆的藏书形成于1783年,当时,叶卡捷琳娜二世向俄罗斯的第一所师范学校赠予了1100册18世纪俄罗斯藏书家茹科夫的藏书。在图书馆的整个发展历史中,很多藏书都来自于私人捐赠:其中包括200多位大学教授和著名的俄罗斯科学文化活动家的私人藏书。一个具有记录价值的历史起源是19世纪中叶出现的彼得堡书刊检查委员会的藏书(2万册)和国外书刊检查委员会的藏书(1万册),俄国文学爱好者自由协会的档案室和藏书,以及俄罗斯第一所女子高校——别斯图热夫高级女子学校的图书馆。共收藏了10万册的珍本,包括15-20世纪的版本,其中有古书册、16世纪初期的书刊以及基里尔文字的书籍。最特别的收藏是东方国家的手稿(约5万多份)。

2018年12月13日,圣彼得堡国立大学科学图书馆将迎来235年的藏书纪念日。